Im Bosnienkrieg wurde der Großteil der Moscheen, und nahezu alle historisch wichtigen, gezielt zerstört, zumeist wurden kleine und unwichtige Moscheen verschont. Es war das Ziel, die islamische Kultur aus dem Stadtbild zu entfernen. Im Zuge dieser Politik fanden auch Ethnische Säuberungen und die gezielte Zerstörung von Archiven, Museen und Bibliotheken statt (beispielsweise der Nationalbibliothek durch serbische Truppen).
Es gibt viele Rekonstruktionsprojekte in Bosnien und Herzegowina nach dem Bürgerkrieg von 1992 bis 1992. Es handelt sich hier vor allem um Sakralbauten, insbesondere Moscheen, aber auch die Alte Brücke in Mostar ist vielen bekannt. Hier ein Paar Beispiele:
Alte Brücke in Mostar: Stari Most
Ferhadija-Moschee in Banja Luka (Totalreko): Link
Aladza-Moschee in Foca: Link